С детства прислуживал в церкви (его духовным отцом и наставником стал протоиерей Иоанн Богоявленский, впоследствии епископ Таллинский и Эстонский Исидор), а с 15 лет был иподиаконом у архиепископа Таллинского и Эстонского Павла, а затем - и у епископа Исидора.

С мая 1945 по октябрь 1946 года Ридигер был алтарником и ризничим таллинского Александро-Невского собора. С 1946 года служил псаломщиком в Симеоновской, а с 1947 года — в Казанской церкви города Таллина. В 1946 году Ридигер сдал экзамены в Ленинградскую духовную семинарию, но не был принят, поскольку ему в то время еще не исполнилось восемнадцати лет.

В 1947 году Ридигер был зачислен сразу на третий курс семинарии. Окончил ее в 1949 году (по некоторым данным - с отличием) и поступил в Ленинградскую духовную академию. Будучи на первом курсе академии, 15 апреля 1950 года был рукоположен в диаконы, а 17 апреля 1950 года — в священники и назначен настоятелем Богоявленской церкви города Йыхви (Johvi) Таллинской епархии. Он совмещал служение приходского священника с заочной учебой. В 1953 году отец Алексий окончил духовную академию по первому разряду и был удостоен степени кандидата богословия за курсовое сочинение "Митрополит Московский Филарет (Дроздов) как догматист".

15 июля 1957 года отец Алексий был назначен настоятелем Успенского собора города Тарту (тогда - город Юрьев) и в течение года совмещал служение в двух храмах (в Тарту он прослужил до 1961 года). 17 августа 1958 года отец Алексий был возведен в сан протоиерея.

В марте 1961 года в Троицком соборе Троице-Сергиевой Лавры протоиерей Алексей Ридигер принял монашеский постриг. Вскоре постановлением Священного Синода от 14 августа 1961 года иеромонаху Алексию было определено стать епископом Таллинским и Эстонским с поручением временного управления Рижской епархией.

Уже в самом начале архиерейского служения - в 1962 году - епископу Алексию удалось отстоять Пюхтицкий Успенский монастырь, который власти намеревались закрыть и передать под дом отдыха: епископ сумел организовать посещение обители делегациями из Евангелической церкви Германии. Вскоре в германской прессе (газете "Neue Zeit") появились восторженные отзывы о монастыре, и вопрос о его закрытии был снят.

В 1986 году он стал митрополитом Ленинградским и Новгородским, однако управление Таллинской и Эстонской епархией также было поручено ему. 7 июня 1990 года на Поместном соборе при тайном голосовании был избран Патриархом Московским и Всея Руси, пятнадцатым по счету за десять веков православия в нашей стране. 

Патриарх - доктор богословия, автор около 200 работ на богословские, церковно-исторические, миротворческие и другие темы, действительный член Российской академии образования, почетный член Петербургской и Московской духовных академий, Критской Православной академии.